ブライトパス・ストーリー

バイオベンチャー、とりわけブライトパス・バイオについての情報を発信します。

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記事:オーストラリア開催の「HUPO2019」で発表された詳細内容です。

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記事→9月13日に「The Human Proteome Organization (HUPO) 2019で 個別化ネオアンチゲンワクチン療法について発表されます」というPRニュースがリリースされましたが、以下はその発表内容の詳細です。こなれていない和訳(Google翻訳を準用・修正)ですがご容赦願います。

文中には「中村徳弘」、「笹田哲郎」、「ブライトパス・バイオ」等の活字(太字に加工)が読み取れます。

また、質量分析計とアイソトープを用いたタンパク質定量研究の第一人者川村猛先生の名前もありました。さらに、油谷浩幸先生の名前もあります。これらの先生方はブライトパスの共同研究相手です。

オリジナルサイト→

Poster Presentation — ASN Events

 

1.発表用ポスター本文(英語原文)→

Proteogenomics-based identifying neoantigens in refractory cancers using xenograft mice (#610)

Yuko Nakamura 1 , Susumu Iizumi 2 , Hiroki Ueda 3 , Shogo Yamamoto 3 , Kenji Tatsuno 3 , Aya Nakayama 1 , Kazuki Yamamoto 1 , Taku Koro 4 , Kyoko Hasegawa 2 , Norihiro Nakamura 2 , Hiroyuki Aburatani 3 , Tetsuro Sasada 4 , Takeshi Kawamura 1 3
  1. Isotope Science Center, The University of Tokyo, Bunkyo-Ku, Tokyo, Japan
  2. BrightPath Biotherapeutics Co., Ltd., Kawasaki, Kanagawa, Japan
  3. Research Center for Advanced Science and Technology, The University of Tokyo, Meguro-ku, Tokyo, Japan
  4. Kanagawa Cancer Center Research Institute, Yokohama, Kanagawa, Japan

Background

Recently, neoantigens have been paid great attention among cancer-specific antigens. Neoantigens are self-peptides that are displayed on major histocompatibility complexes (MHC) with cancer specific mutations that are never seen in normal tissues. We performed combined searching by the next generation sequencing (NGS) and mass spectrometry for MHC-associated neoantigens in the refractory cancers.

Methodologies

DNAs and RNAs are extracted and sequenced from cultured colon cancer cell lines and patient tissues (total 9 samples) from pancreatic and biliary cancers. Among the samples, 4 tissues are transplanted to mice to prepare xenograft mice. Proteins are extracted from the xenograft models, immunoprecipitated with anti-MHC antibody, and measured by a mass spectrometer. Peptide sequences are searched against database obtained from the exome and transcriptome from the identical tissue.

Findings

After a systematic examination of experimental conditions using the cultured cells, we have established a workflow that can detect above 1,000 MHC-associated peptides from 3 mg of protein lysates from xenograft mice. We have also identified several neoantigen candidates by DNA and RNA sequencing followed by peptide sequencing with mass spectrometric analysis.

Concluding

In identifying neoantigens, we have found that peptidomics have been added the detection confidence of the identified neoantigens. We are further improving sensitivity to the level to detect directly from patient tissues without xenograft formation. The identified neoantigen candidates are tested for immunogenicity in vitro.

 

2.発表用ポスター本文和訳(上記1.を和訳したもの)→

異種移植マウスを使用した難治性癌におけるプロテオゲノミクスベースのネオアンチゲンの特定(#610)

中村裕子1、飯泉進2、上田宏樹3、山本省吾3、atsu野健二3、中山綾1、山本和樹1、コロタク4、長谷川京子2、中村徳弘2、油谷弘之3、笹田哲朗4、川村猛4 1 3 1.東京大学アイソトープ科学センター、文京区、東京
2.BrightPath Biotherapeutics Co.、Ltd.、神奈川県川崎市
3.東京大学目黒区東京大学先端科学技術研究センター
4.神奈川県横浜市神奈川がんセンター研究所

背景

最近、ネオアンチゲンは癌特異的抗原の中で非常に注目されています。ネオアンチゲンは、正常組織では決して見られない癌特異的変異を伴う主要組織適合性複合体(MHC)に表示される自己ペプチドです。難治性癌におけるMHC関連新抗原の次世代シーケンシング(NGS)と質量分析を組み合わせた検索を実行しました。

方法論

DNAおよびRNAは、培養大腸がん細胞株および膵臓がんおよび胆道がんの患者組織(合計9サンプル)から抽出され、配列決定されます。サンプルのうち、4つの組織をマウスに移植して異種移植マウスを準備します。タンパク質は、異種移植モデルから抽出され、抗MHC抗体で免疫沈降され、質量分析計で測定されます。ペプチド配列は、同一組織のエクソームおよびトランスクリプトームから得られたデータベースに対して検索されます。

調査結果

培養細胞を使用した実験条件の体系的な検査の後、異種移植マウスのタンパク質溶解物3 mgから1,000を超えるMHC関連ペプチドを検出できるワークフローを確立しました。また、DNAおよびRNAシーケンスに続く質量分析によるペプチドシーケンスにより、いくつかのネオアンチゲン候補を特定しました。

おわりに

ネオアンチゲンの特定において、ペプチドミクスが特定されたネオアンチゲンの検出信頼度がより増加したことを発見しました。異種移植片を形成せずに患者の組織から直接検出できるように、レベルに対する感度をさらに向上させています。同定されたネオアンチゲン候補は、in vitroで免疫原性について試験されます。
 
注)in vitro(イン・ビトロ)とは、「試験管内で」という意味で、試験管などの中でヒトや動物の組織を用いて、薬物の反応を検出する試験のことを指します。対語はin vivo(生体内で)。
 
このHUPOでの報告は、一言で言うと、次世代シーケンシングと質量分析を組み合わせた検索が、より精度の高い成果を出している、という報告です。
一定の成果が出たら、それをタイムリーに発信していくこと、サイエンスの基本動作と言えます。
 
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